O Zakładzie

1)  Wstępne analizy gleby:

1. Oznaczanie suchej masy gleby.
2. Pomiar pH i EC gleby.
3. Oznaczenie całkowitej pojemności wodnej gleby.

2) Analizy środowiskowe gleby:

1. Analiza aktywności enzymatycznej gleby:
   • Dehydrogenaz;
     
   •  Fosfatazy kwaśnej i zasadowej.
     
2. Oznaczanie biomasy (C i N) w próbkach glebowych metodą fumigacji-ekstrakcji.
3. Analiza mikrobiologiczna próbek glebowych (metoda klasycznych wysiewów na płytki).
4. Analiza ruchomych frakcji węgla:
   • Analiza zawartości węgla organicznego ekstrahowanego zimną i gorącą wodą;
   • Oznaczanie zawartości POM w glebie.
5. Oznaczanie zawartości glomalin ogólnych oraz łatwo-ekstrahowanych w glebie.
   

3)  Analizy z wykorzystaniem technik molekularnych:

1. Izolacja DNA glebowego.
2. Łańcuchowa reakcja polimerazy (PCR).
3. Elektroforeza w żelu agarozowym.
4. Elektroforeza w żelu z gradientem czynnika denaturującego (DGGE).

4)   Analiza prób glebowych pod kątem zróżnicowania metabolicznego z użyciem Biolog System.

System Biolog – analiza metabolizmu oraz fenotypowanie mikroorganizmów

Aparatura wykorzystywana jest do analizy różnorodności funkcjonalnej mikroorganizmów w próbkach środowiskowych (np. gleby użytkowane rolniczo, gleby skażone, biopreparaty).

Liofilizator FreeZone Triad System

Kompletny system liofilizacyjny łączący w sobie kaskadowy liofilizator stołowy oraz moduł do liofilizacji materiału w penicylinówkach i zamykania pod próżnią. Aparat umożliwia przeprowadzenie  kompletnego procesu liofilizacji, poczynając od wstępnego zamrażania materiału w penicylinówkach (lub luzem) do temperatury -75 °C, poprzez proces liofilizacji, aż do automatycznego zamknięcia penicylinówek w atmosferze panującej próżni.

Kaskadowy, wolnyod freonu system chłodzący pozwala na chłodzenie spirali kolektora do temperatury -85 °C. Liofilizację materiału prowadzić można na półkach albo w naczyniach liofilizacyjnych podłączonych do czterech zaworów umiejscowionych na
lewej ścianie bocznej aparatu.

Platforma bioinformatyczna

Podzespoły takie jak:

• 24-rdzeniowy procesor (48 wątkowy) z 64 MB pamięci podręcznej,
• 128 GB pamięci RAM
• Dysk twardy SSD

Wraz z oprogramowaniem:

• BioNumerics Fingerprint Data
• BioNumerics Sequence Data
• Bionumerics Genome Analysis Tools
• BioRad QuantityOne
• Pakiet R (RStudio, wtyczki: m.in phyloseq, dada2, vegan,  ggplot2)
• mothur (v. 1.40.0 i nowsze)
• Qiime2 (wersja 2018.11 i nowsze)
• Seed2
• Unipro UGENE
• i wiele innych

umożliwiają analizę i obróbkę surowych danych uzyskanych po sekwencjonowaniu następnej generacji (NGS: 16S, ITS, metatranskryptomika, RNA-seq, WGS) oraz przeprowadzanie skomplikowanych obliczeń w analizie kinetyki wzrostu z wykorzystaniem sytemu Biolog (EcoPlate, FF, GenIII, PM).

Homogenizator

Aparat ma zastosowanie do izolacji DNA z prób o różnym pochodzeniu (bakterie, grzyby, gleba, roślina), co pozwala na szybką i precyzyjną metodę pozyskania materiału genetycznego o bardzo wysokiej jakości i wysokiej wydajności izolacji. Homogenizator jest stosowany w badaniach z zakresu biologii molekularnej.

Spektrofotometr do DNA i RNA

Jest to urządzenie umożliwiające precyzyjną ocenę ilości wyizolowanego materiału genetycznego (DNA, RNA). Aparat wykorzystywany jest w badaniach z zakresu biologii molekularnej. Na tej podstawie można precyzyjnie ocenić zarówno ilość, jak i jakość DNA wyizolowanego z gleby (wskaźnik jakości środowiska glebowego), a także DNA wyizolowanego z bakterii i grzybów.

Komora do namnażania i przechowywania drobnoustrojów

Urządzenie do namnażania różnych gatunków kultur bakteryjnych i grzybowych w określonych warunkach wzrostu (temperatura, czas, naświetlenie). Komora posiada również możliwość instalacji oświetlenia fotosyntetycznego i/lub UV (sterylność prowadzenia badań). Ponadto dysponuje również zaawansowanymi funkcjami kontroli prowadzonych eksperymentów i możliwościami automatyzacji doświadczeń, co znacznie podwyższa jakość i sprawność prowadzonych badań.

Universal Mutation Detection System

Universal Mutation Detection System jest zestawem umożliwiającym wykonanie stosunkowo łatwej i precyzyjnej identyfikacji gatunkowej mikroorganizmów dominujących w danym siedlisku. System ten wykorzystuje metodę PCR-DGGE (ang. Denaturant Gradient Gel Electrophoresis). Jest on także używany w badaniach z zakresu biologii molekularnej i oceny zróżnicowania genetycznego drobnoustrojów pochodzących z różnych środowisk.

Realtime PCR – QPCR

Bioanalizator wraz z systemem QPCR – system bazujący na ilościowej reakcji łańcuchowej polimerazy DNA (qPCR, z ang. quantitative PCR; nazywana też PCR w czasie rzeczywistym). System ten jest wykorzystywany do identyfikacji gatunkowej bakterii i grzybów w badaniach z zakresu biologii molekularnej i genetyce.

Inkubator z wytrząsaniem

Inkubator z wytrząsaniem – aparatura ta jest wykorzystywana do namnażania hodowli określonych drobnoustrojów (bakterii, grzybów) na określonych podłożach wzrostowych.

System do przygotowywania ultraczystej wody

System do przygotowywania ultraczystej wody. Stosowanie do analiz biologicznych i chemicznych ultraczystej wody o określonych parametrach jest podstawą do uzyskania wiarygodnych i precyzyjnych wyników pomiarów.

Komora laminarna

Urządzenie wykorzystywane jest do pracy laboratoryjnej (mikrobiologicznej, genetycznej) w warunkach sterylnych.

Komora laminarna II klasy bezpieczeństwa używana jest w laboratorium biologii molekularnej (izolacja DNA, przygotowywanie reakcji PCR) oraz w pracy mikrobiologicznej (przeszczepianie izolatów bakteryjnych