Profil badawczy Zakładu
- Mikrobiologia
- Biologia molekularna
- Biologia środowiskowa
- Gleby użytkowe
- Metagenomika
- Biolog EcoPlate
- Biolog GenIII
- DGGE
- Real time PCR
- Mikrobiologia
- Biologia molekularna
- Biologia środowiskowa
- Gleby użytkowe
- Metagenomika
- Biolog EcoPlate
- Biolog GenIII
- DGGE
- Real time PCR
Biologia molekularna, genetyka
Biologia molekularna, genetyka
Zróżnicowanie genetyczne oraz identyfikacja mikroorganizmów glebowych
(PCR, Real Time PCR, PCR DGGE, Biolog System)
Więcej szczegółów
Możliwe zastosowania systemu Biolog:
- identyfikacja mikroorganizmów z wykorzystaniem płytek GenIII
- analiza funkcjonalna wybranych szczepów – krzywe wzrostu, tempo rozkładu różnych substratów (do wyboru kilkaset różnych źródeł węgla i azotu)
- wpływ dodatków (antybiotyków, środków ochrony roślin, nawozów … ) na wzrost i tempo rozkładu substratów przez bakterie lub grzyby
- analiza bogatych gatunkowo próbek środowiskowych (gleba, ścieki, woda) pod kątem całościowego metabolizmu konsorcjów bakteryjnych (płytki ECO) lub grzybowych (FF)
Metagenomika - analiza sekwencjonowania amplikonów
Metagenomika - analiza sekwencjonowania amplikonów
Analizy bioinformatyczne – sekwencjonowanie amplikonów 16S (bakterie) i ITS (grzyby)
- kompletna analiza od surowego pliku fastq
- opracowanie statystyczne, prezentacja graficzna
- alfa i beta bioróżnorodność
DGGE - PCR
DGGE - PCR
Ocena różnorodności mikrobiologicznej gleb w oparciu o technikę PCR DGGE
Bakterie symbiotyczne
Bakterie symbiotyczne
Badania nad właściwościami i praktycznym wykorzystaniu bakterii zdolnych do wiązania azotu atmosferycznego jak i bakterii symbiotycznych roślin bobowatych (NITRAGINA)
Ponadto:
- ocena różnych parametrów mikrobiologicznych, biochemicznych i ruchomych frakcji materii organicznej jako wskaźników żyzności i zdrowotności gleby oraz analiza wpływu różnych zabiegów agrotechnicznych na te wskaźniki,
- określenie zawartości glomalin w glebach Polski,
- ocena oddziaływania różnych zabiegów agrotechnicznych i systemów gospodarowania na zasiedlanie kłosów, ziarna i korzeni zbóż przez grzyby mykoryzy arbuskularnej (AM) oraz toksynotwórczych grzybów z rodzaju Fusarium występujących za ziarnie zbóż.
1) Wstępne analizy gleby:
- Oznaczanie suchej masy gleby.
- Pomiar pH i EC gleby.
- Oznaczenie całkowitej pojemności wodnej gleby.
2) Analizy środowiskowe gleby:
- Analiza aktywności enzymatycznej gleby:
- Dehydrogenaz (Casida i in. 1964; PN-EN ISO 23753-1, 2011)
- Fosfatazy kwaśnej i zasadowej (Tabatabai i Bremner 1969)
- Oznaczanie biomasy (C i N) w próbkach glebowych metodą fumigacji-ekstrakcji (PN-EN ISO 14240-2, 2011)
- Analiza mikrobiologiczna próbek glebowych (metoda klasycznych wysiewów na płytki).
- Analiza ruchomych frakcji węgla:
- Analiza zawartości węgla organicznego ekstrahowanego zimną i gorącą wodą.
- Oznaczanie zawartości POM w glebie (Cambardella i in. 2001 z modyfikacjami)
- Oznaczanie zawartości glomalin ogólnych oraz łatwo-ekstrahowanych w glebie (Wright i in. 1996)
3) Analizy z wykorzystaniem technik molekularnych:
- Izolacja DNA glebowego.
- Łańcuchowa reakcja polimerazy (PCR).
- Elektroforeza w żelu agarozowym.
- Elektroforeza w żelu z gradientem czynnika denaturującego (DGGE).
4) Analiza prób glebowych pod kątem zróżnicowania metabolicznego z użyciem Biolog System.